臺北區支付處組織，依據「財政部各地區支付處組織通則」規定，經行政院核定為一等處，編制員額為69至93人，在處長、副處長下，設第一科、第二科、總務室、人事室、會計室、政風室，另為自動化作業及確保庫款安全、加強內部稽核功能，爰任務編組設資訊小組。民國八十八年七月一日配合精省作業，原台灣省集中支付處，奉行政院核定裁徹併入臺北區支付處，為落實就地安置政策，在原地成立中部辦公室，以應作業。
臺北區支付處職掌，係掌理全國中央政府國庫集中支付業務，包括預算管制、支票簽發、支付編報、支付資訊及一般行政等事項，其各單位職掌分別如下：

1. 第一科：「預算管制、費款支付」，關於支付業務規畫、支付法案建立、憑證表報審查，印鑑保管、驗對、更換及與支用機關連線作業等事項。
2. 第二科：「支票簽開、支票封發」，關於國庫支票保管、簽開、封發、審核、通匯作業及特殊支票案件處理及有關支付結算編報等事項。
3. 總務室：「行政管理、一般事務」，關於印信典守、庶務、工役、文案管理及不屬其他科、室、組事項之處理等事項。
4. 人事室：「人事業務、人事管理」，關於任免遷調、獎懲考核、訓練進修、退撫福利及保險等事項。
5. 會計室：「支付會計、單位會計」，關於中央政府機關國庫集中支付會計及本處單位會計等事項。
6. 政風室：「端正政風、防制貪瀆」，關於公務機密安全維護，對易生弊端業務防制及對公有財務不忠不法察查等事項。
   連結：政風資訊
7. 資訊小組：「資訊規劃、資料處理」，關於電腦業務規劃、設計、管理、分析、維護及電腦機具安全防護、管制、維修等事項。
   連結：電腦化業務情形
8. 中部辦公室：「預算管制、費款支付及支票簽開、支票封發」，關於原省集中支付作業事項。
   

臺北區支付處組織系統與業務職掌表